Le musée actuel, dont la première pierre fut posée par Abbas Hilmi II le 1er avril 1897, fut construit, après un concours international, sur les plan de l'architecte français Marcel Dourgnon.
Il comprend un sous-sol destiné aux réserves, deux niveaux d'exposition et un deuxième étage plus restreint qui n'est pas ouvert au public. Plus d'une centaine de salles se répartissent autour d'un atrium central. Au res-de-chaussée, qui abrite aussi les bureaux de la conservation et la bibliothèque, ont été rassemblés les monuments lourds (statues, sarcophages, stèles...) classés chronologiquement depuis l'entrée, dans le sens des aiguilles d'une montre. A l'étage, le reste des collections est présenté par types d'objets (papyrus, modèles du Moyen-Empire, bijoux, masques funéraires) ou par trouvaille (Toutânkhamon, Hétéphèrès, nécropole royale de Tanis, Hemaka...).
Tel qu'il est, le musée pose à l'heure actuelle un certain nombre de problèmes. Le plus évident est celui de son encombrement, et donc de la présentation des objets qui souffre de la trop grande richesse des collections ; bien des pièces, qu'on ne voit pas parce qu'elles sont reléguées dans la pénombre d'un haut de vitrine, feraient la joie d'un conservateur de musée en Europe ou en Amérique.